Proiectul are ca obiect de studiu lagunele, deltele și estuarele, care sunt zonele de tranziție dintre râuri, fluvii și mări. Obiectivul proiectului său este acela de a îmbunătăți și armoniza metodele de studiu a apelor de suprafață, folosind date obținute prin satelit și măsurători in-situ. CERTO va investiga parametrii apei ce pot fi folosiți pentru evaluarea stării de calitate a tuturor mediilor acvatice de tranziție. Proiectul va oferi servicii care vor putea fi utilizate de către agențiile de monitorizare a calității mediului, de către cei care lucrează în domeniul politicilor de mediu, de către diferitele companii private, dar și de publicul larg. Principalul rezultat al proiectului va fi un sistem gata de a fi implementat în serviciile Copernicus sau în softuri specifice.