Colective de cercetare București
- Colectiv Batimetrie și seismoacustică
- Colectiv Cercetări interdisciplinare ale mediilor deltaic și lacustru
- Colectiv Cercetări interdisciplinare ale mediului fluvial
- Colectiv Cercetări interdisciplinare și management costier
- Colectiv Geofizică ambientală și geoarheologie
- Colectiv Geologie și Geoecologie Marină - Oceanografie
- Colectiv GIS, baze de date, cartografie
- Colectiv Gravimetrie-magnetometrie
- Colectiv Hidrologie
- Colectiv Paleoecologie, Paleogeografie și Paleobiologie
- Colectiv Stocare geologică CO2
- Colectiv Studii de impact
- Compartiment Transfer Tehnologic și Inovare
- Departament DANUBIUS-RI
Administrativ
- Arhivă
- Atelier Întreținere Echipamente Cercetare-Dezvoltare
- Birou administrativ - București
- Birou administrativ - Constanța
- Biroul de achiziții publice
- Biroul de management proiecte și marketing
- Biroul de resurse umane
- Compartiment Audit Public Intern
- Compartiment Sisteme de management
- Compartimentul de control financiar
- Compartimentul de diseminarea informației, relații publice și mass-media
- Compartimentul de editare
- Compartimentul Documente clasificate
- Compartimentul juridic