Organigrama INCD GeoEcoMar cuprinde ca departamente principale urmatoarele: „Cercetare”, „Nave”, „Financiar – Contabilitate – Administratie”, la care se adauga unele compartimente si birouri aflate sub directa coordonare a Directorului general (audit si control, managementul calitatii, editare, juridic, resurse umane, diseminarea informatiilor, relatii publice si mass-media, management proiecte si marketing).
Este coordonat de Directorul stiintific si de catre Directorul sucursalei Constanta, asigura managementul unor „colective de cercetare”, „ laboratoare de analize”, dar si a Centrului National de Monitorizare – Alarmare la Hazarde Naturale Marine – EUXINUS (obiectiv de interes national).
Centrul National de Monitorizare-Alarmare la Hazarde Naturale Marine (statut de laborator).
Are in subordine infrastructura specifica de cercetare a INCD GeoEcoMar, alcatuita din navele Mare Nigrum (obiectiv de interes national) si Istros, pontonul – laborator Halmyris, salupe si ambarcatiuni cu motor, respectiv Atelierul de intretinere a echipamentelor de cercetare.
Coordoneaza activitati specifice prin intermediul unor servicii si birouri specializate.