Finantarea activitatii de cercetare a INCD GeoEcoMar se efectueaza prin participarea la licitatii interne si internationale sau prin contractare directa cu parteneri din tara sau din strainatate.
Pentru cresterea capacitatii stiintifice si tehnice a INCD GeoEcoMar, sunt urmarite ca directii principale de finantare, urmatoarele: competitiile interne de proiecte organizate de MECI sau de alte ministere sau agentii guvernamentale, fondurile structurale, sursele extrabugetare si cele atrase (ex. donatii, sponsorizari).
In ultimii ani institutul a participat la competitiile lansate de MECS (Cercetarea de Excelenta - CEEX, Programul Nucleu – PN), CNCSIS si Academia Romana (granturi), castigand numeroase proiecte. INCD GeoEcoMar a participat la licitatia lansata de MECS prin ANCS - CNMP prin PLANUL NAŢIONAL II, in cadrul careia a castigat numeroase proiecte.
Pentru toate proiectele finantate prin Programul Cadru 7, Agentia Finantatoare din Romania este UEFISCDI prin Programul Capacitati.
Pe plan international INCD GeoEcoMar a desfasurat, si desfasoara, o bogata activitate in cadrul Programelor Cadru VI si VII ale Comisiei Europene. De asemenea, au fost abordate si proiecte finantate de alte organisme internationale, precum CBS Romania - Bulgaria 2007-2013, NATO, IAEA etc. Proiectele bilaterale cu Franta (IFREMER), Elvetia (CESNE), Italia (ISMAR) au avut o importanta deosebita pentru planul de cercetare al institutului.
INCD GeoEcoMar a furnizat, si furnizeaza, servicii de specialitate si consultanta agentilor economici din tara (ex. OMV, PETROM, EXON Mobil, Sterling, CNE etc.) si din strainatate (ex. DHV - Olanda, JICA - Japonia, MAREXIN BV, INDC – Belgia etc).